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프테라노돈은 하늘을 나는 동물이 아니라 생태계의 균형을 이루는 중요한 포식자 였어요. 바다 위에서 물고기를 잡아먹으며 해양 생물의 개체 수를 조절했고 죽은 물고기나 작은 동물의 사체를 먹으며 청소동물의 역할도 했어요. 백악기 당시의 기후는 따뜻하고 바람이 일정하게 불어 활공에 유리했기 때문에 프테라노돈은 비교적 적은 에너지로 오랜 시간 비행할 수 있어요. 날개를 퍼덕이기보다는 바람의 흐름을 이용해 미끄러지듯 이동했으며, 높은 절벽이나 해안 바람을 이용해 상승 기류를 타고 하늘로 올랐어요. 비행 방식은 현대의 알바트로스와 유사한 점이 많아요. 또한 프테라노돈의 피부에는 얇고 강한 비늘 구조가 있었는데 날개막은 앞다리의 네 번째 손가락이 길게 뻗어 지탱 했어요. 이 손가락은 날개의 주요 골격 역할을 하여 비행 시 안정성과 방향 전환을 도왔어요. 앞다리는 날개와 연결되어 있었지만 뒤다리는 비교적 짧고 약해 땅에서는 서투른 걸음을 걸었을 것으로 보이곤 해요.